Niger được gọi là Jeliba hay Joliba "sông lớn" trong tiếng Manding; Orimiri hay Orimili "sông lớn" trong tiếng Igbo; Egerew n-Igerewen "sông của các sông" trong tiếng Tuareg; Isa Ber "sông lớn" trong tiếng Songhay; Kwara trong tiếng Hausa; và Oya trong tiếng Yoruba. Nguồn gốc của tên gọi Niger, chỉ dùng cho đoạn sông giữa, không được rõ. Nhiều khả năng là sự thay đổi do ảnh hưởng của tiếng Latinh niger "đen", từ tên gọi trong tiếng Tuareg egerew n-igerewen, tên gọi đã được sử dụng từ lâu để chỉ đoạn sông giữa chảy qua Timbuktu.[1][2] Vì Timbuktu từng là điểm cuối cùng phía nam của tuyến thương mại qua Sahara đến phía tây của Địa Trung Hải, nó là nguồn của kiến thức hầu hết về châu Âu của khu vực.

Các bản đồ châu Âu thời Trung cổ dùng tên Niger cho đoạn giữa của sông, ở Mali hiện đại, nhưng Quorra (Kworra) đến hạ nguồn ở Nigeria hiện đại, vì chúng không được xem là cùng một con sông. Khi các thế lực thuộc địa châu Âu bắt đầu đưa tàu thuyền đến dọc theo bờ biển tây của châu Phi vào thế kỷ 16 và 17, sông Senegal thường được xem là phần cuối hướng ra biển của Niger. Châu thổ Niger, đổ nước vào Đại Tây Dương qua các đầm lầy rừng ngập mặn và hành ngàn chi lưu kéo dài song song hàng trăm dặm, từng được cho là không có các vùng đất ngập nước ven biển. Vào thế kỷ 18, Mungo Park đã đi dọc theo sông River và viếng thăm đế quốc Sahelian thời đó, do vậy người châu Âu xác định chính xác các đoạn của Niger, và dùng tên này cho cả con sông.

Các quốc gia hiện nay như Nigeria và Niger lấy tên của họ từ tên sông, đánh dấu các ranh giới quốc gia của các cường quốc thực dân châu Âu gồm "thương lưu", "hạ lưu" và "trung lưu" của lưu vực sông Niger trong suốt Scramble for Africa vào cuối thế kỷ 19.